Allein mit seiner Mutter, die sich immer mehr in ihre innere Welt zurückzieht, lebt Kubo in einer abgeschiedenen Höhle. Jeden Tag lässt er als Geschichtenerzähler auf dem Dorfplatz Origamifiguren zum Leben erwachen und erzählt von den Abenteuern des Samurais Hanzo. Vor Anbruch der Dunkelheit muss er jedoch jeweils zu Hause sein – zu seiner eigenen Sicherheit, wie seine Mutter sagt.